Todas as alterações realizadas no computador, desde execução de programas, download de arquivos e navegações de internet ficam registradas no HD. Desta maneira, todos os usuários correm o risco de instalar um vírus ou qualquer tipo de programa indesejado. Para fugir desta regra que o Sandboxie foi criado.
Sandboxie cria um espaço alternativo no PC, em que todas as alterações em arquivos, configurações ou downloads são interceptadas, e após reiniciar o sistema, elas não ficam registradas no disco rígido.
Por exemplo, podem-se baixar programas diversos, que muitas vezes tornam o computador lento ou até danificam a máquina. Se o Sandboxie estiver rodando no PC, após reiniciar o sistema ou apagar o espaço em que ele rodou, nenhuma destas alterações ficará registrada no HD.